1、适用法律不同，个人独资企业依照《个人独资企业法》设立，个体工商户按照《民法通则》和《城镇个体工商户管理暂行条例》等规定设立。
2、个人独资企业只能由个人出资设立，而个体工商户既可以由一个自然人设立，也可以由家庭出资设立。
3、个人独资企业投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任。只有在企业设立登记时明确以家庭共有财产作为个人出资的，才依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任;而个体工商户的债务如属个人经营的，以个人财产承担。如属家庭经营的，以家庭财产承担。
4、个人独资企业是经营实体，是一种企业形态，个体工商户不采用企业形式。一般认为属于“个人”。