1、自然澄清法：果汁置于密封容器中，经长时间静置使悬浮物沉淀。同时果胶物质逐渐水解，降低了果汁的粘度，加速了澄清过程。静置过程中蛋白质和丹宁也可形成大分子聚合物沉淀下来，所以经过长时间静置可以得到澄清透明的果汁。需要注意的是，果汁在长期静置中易受微生物污染，发酵变质，因此采用此法澄清果汁必须加入适量的防腐剂。目前，此法只限于用亚硫酸保存原料果汁生产。
2、蜂蜜澄清法：将占果汁重量1%～10%的蜂蜜加入到果汁中，搅拌均匀，静置几个小时。待蜂蜜中的某些蛋白质与果汁中的酚类物质结合形成沉淀后过滤，便可获得纯净而不褐变的果汁。
3、冷冻澄清法：这种方法对于澄清苹果汁尤为明显。葡萄汁、酸枣汁、沙棘汁和柑桔汁也有这种现象。一般冷冻温度为-1～-5℃。
4、加热凝聚澄清法：此法简便易行，效果较好，所以应用较为普遍。但此法对果汁的风味有一定影响，也会发生有害的氧化作用，降低营养价值。为防止风味变劣及氧化作用，加热必须在无氧条件下进行，一般可采用密闭的管式热交换器或瞬时巴式杀菌器进行加热和冷却。加热温度是80～82℃，时间为80～90秒。